Depuis le Moyen Age, les saumons ont commencé à se raréfier dans certains cours d’eau pour disparaître ensuite totalement de bon nombre d’entre eux.

La rivière Allier a conservé une population de Salmo salar au prix d’efforts constants.  Le saumon, poisson migrateur par excellence, naît au printemps. L’alevin passe ses premières semaines dans les galets, au cœur de la frayère. A la fin de l’été, il devient tacon et se nourrit d’invertébrés aquatiques. Au bout d’un an ou deux, au printemps, il se transforme en smolt et entame, à la faveur d’une crue, sa migration vers la mer. Après un parcours de 5000 km dans l’océan atlantique, il parvient dans les zones de grossissement au large du Groenland et des Iles Féroes. Une fois sa taille adulte atteinte, il retourne en principe vers la rivière où il est né pour s’y reproduire.

Ce cycle de vie remarquable, est considérablement entravé depuis la fin du XIXe siècle par l’activité humaine croissante et la création de nouvelles infrastructures sur les cours d’eau jadis paradis du salmonidé.  Ces entraves ont pris différents aspects, liés soit à la pêche, soit à l'aménagement lourd des rivières (barrages, navigation …), ou aux pollutions mécaniques (extraction de granulats…), pollutions chimiques (agricoles, industrielles, ménagères…). 

Le braconnage, à partir de la Révolution de 1789, a eu la première incidence négative  sur le dépeuplement des cours d’eau en géniteurs, notamment à la période de fraye. En parallèle , le prélèvement massif de tacons dans les filets à petites mailles, ou à la ligne, a réduit dangereusement le renouvellement de l’espèce : à la fin des années 1940 par exemple, entre Alleyras et Pont-du-Château, on estime qu’environ 80 kilos de tacons étaient détruits quotidiennement. De 1973 à 1980, les pêches intensives en mer, sur les zones d’engraissement du saumon, récemment découvertes au Groënland mettent en péril les stocks de géniteurs. La pêche à la ligne est également incriminée dans l’extinction de l’espèce. Mais dans des proportions nettement plus faibles. 

Dès 1972, l’Association Protectrice du Saumon dénonce la pêche professionnelle sur la Loire ainsi que l’utilisation de filets barrages ou du grand carrelet à contre-poids de plus de 5 mètres de côté.  

La construction de barrages destinés à la production d’électricité, ou la création de réservoirs d’eau pour l’irrigation, a progressivement et définitivement stérilisé de nombreuses zones de frayères, et entraîné la disparition du saumon sur la plupart des rivières. Par exemple :

sur la Loire : Grangeant en 1957, Villerest en 1964

sur l’Allier : Saint-Etienne du Vigan en 1897, Poutès en 1939

sur l’Allagnon : Grand-Pont et Chambezon 1906-1907

sur le Chapeauroux : chute privée en 1927

 

 sur la Sioule : Queuille

 

L’aménagement de l’estuaire de la Loire est venu couronner le tout en transformant un phénomène naturel de mise en suspension des sédiments, à la rencontre de l’eau douce et de l’eau salée, en véritable et énorme bouchon vaseux à l’intérieur duquel personne ne sait exactement ce que deviennent les saumons, à la descente comme à la montée. Cette ignorance peut toutefois hélas arranger ceux qui ont plus ou moins intérêt à rendre le bouchon vaseux responsable de tous nos maux ; une chose est sûre : une certaine proportion de smolts, puis de géniteurs, parviennent à le franchir…mais quelle est cette proportion ?